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Position actuelle

Je suis maintenant ingénieur de recherche en bio-informatique pour l'IFR142, sous contrat avec L'université Lille2 (Septembre 2011-décembre 2014). Je travaille actuellement au sein de l'unité PEGASE (Plateforme d'Etude Génomique Appliquée aux Sciences Expérimentale) sur le traitement de données de séquencage haut-débit (NGS).

ATER

J'ai réalisé une année d'ATER à l'Université Lille1 (voir la partie enseignement) d'Octobre 2010 à Août 2011.

Post-doctorat

Après ma thèse, j'ai effectué mon post-doctorat au sein de PDBe (Protein Data Bank Europe) de l'EBI (European Bioinformatic Institute), Cambridge (Royaume-unis) d'Octobre 2009 à Septembre 2010.

Thèse

J'ai soutenu ma thèse le 8 septembre 2009 ( mémoire, soutenance ).

Jury:
  • Directeur de thèse: Gregory Kucherov (LIFL, France)
  • Encadrante: Maude Pupin (LIFL, France)
  • Encadrante: Valérie Leclère (ProBioGEM, France)
  • Rapporteur: Marie-Dominique Devignes (LORIA, France)
  • Rapporteur: Pierre Cornelis (VIB, Belgique)
  • Examinateur: Bernard Wathelet (UCBI, Belgique)
  • Examinateur: Daslav Hranueli (PBF, Croatie)
  • Président: Philippe Jacques (ProBioGEM, France)
Résumé: Les peptides non-ribosomiaux sont des molécules produites par les micro-organismes et présentant un large éventail d'activités biologiques et pharmaceutiques. Par exemple, ils peuvent présenter des activités antibiotiques, immuno-modulatrices ou anti-tumorales. Ces peptides sont synthétisés par de grands complexes multi-enzymatiques, appelés synthétases ou NRPS (NonRibosomal Peptide Synthetases). Deux traits caractéristiques distinguent ces peptides des peptides ribosomiaux classiques : le premier est que leur structure primaire n'est pas toujours linéaire mais peut être totalement ou partiellement cyclique, branchée voir même poly-cyclique, et le second est la diversité des monomères incorporés au sein de ces peptides qui dépasse largement les vingt acides aminés protéogéniques. Nous avons développé Norine, la première ressource publique entièrement dédiée aux peptides non-ribosomiaux. Norine contient actuellement plus de 1000 peptides, modélisés par des graphes étiquetés non-orientés, ainsi que des outils informatiques permettant leur analyse, comme la comparaison de compositions en monomères, la recherche de motifs structuraux ou la recherche par similarité. Des analyses statistiques sur les données contenues dans Norine ont permis de mettre en évidence des caractéristiques biologiques intéressantes comme la spécificité des monomères en fonction de l'activité biologique qui nous a conduit à l'élaboration d'un outil d'aide à la prédiction de la fonction biologique d'un peptide à partir de sa composition monomérique. En trois ans, Norine est devenue la ressource internationale pour les peptides non-ribosomiaux.

J'ai effectué ma thèse (co-financemant INRIA/Région) au sein de l'équipe BioInfo (INRIA Sequoia) du LIFL et du laboratoire ProBioGEM.

Cursus

Après l'obtention d'un DEUG Sciences et Vie, à l'Université Jean Perrin de Lens, j'ai intégré l'IUP Génie Biologique et Informatique d'Evry. Cet IUP offre une formation de tois ans, équilibrée entre enseignement théorique et pratique.Elle permet également d'obtenir une double compétence en biologie et bioinformatique [programme des enseignements]. Cette formation m'a permis d'effectuer des stages dans les domaines de la biologie et de la bioinformatique. J'ai ensuite intégré le Master Recherche Informatique et Mathématiques pour la Biologie Intégrative de l'université d'Evry Val d'essonne.